作為外貿企業辦理進出口手續重要平臺的電子口岸2009年再添3個應用項目。 2009年海關總署會同人民銀行研發了跨境貿易人民幣結算聯網核查系統，通過報關單電子底賬數據與企業跨境貿易實際收付數據的交換，實現了跨境人民幣結算貿易真實性審核和風險防控。同時，海關總署與稅務總局共同開發了保稅加工貿易數據聯網核查交換系統，通過該系統每日向稅務部門傳輸加工貿易報關單及相應的備案核銷電子數據，通過電子底賬+聯網核查，不僅可以解決因提交紙本單證造成的加工貿易企業辦理退稅難、占壓企業流動資金周期長的問題，同時進一步加強了執法部門監管。此外，為實現保證金臺賬業務無紙化管理，方便企業網上辦理保證金臺賬業務，海關總署與中國銀行、工商銀行研發了加工貿易保證金臺賬聯網管理系統，項目上線運行后，不僅可以節省現場關員人數，而且企業每年可減少往返繳費奔波，同時也大大縮減了銀行的運營成本。 除了新添功能外，海關還對電子口岸原有功能進行改進完善。比如配合稅務總局開展進口增值稅“先比對、后抵扣”業務改革，完善了進口增值稅數據傳輸及對賬機制，實現了增值稅稅單數據按日傳輸，提高了數據的時效性。海關總署與外匯局進一步完善了出口收結匯聯網核查系統，增加了“網上交單”及查詢統計功能，一方面為企業增加銀行賬號信息查詢功能，使企業能夠準確、快捷地查詢本單位收匯核銷情況；另一方面向銀行動態提示企業的業務狀態，方便銀行及時為企業辦理收匯業務。
